Палеогенетики опубликовали четвертый высококачественный неандертальский геном. Исследователи секвенировали древнюю ДНК из кости, найденной 15 лет назад в Денисовой пещере. Она принадлежала неандертальскому мужчине, который жил примерно 110 тысяч лет назад и принадлежал к популяции ранних восточных неандертальцев, которые, с точки зрения генетики, отличались от поздних европейских неандертальцев сильнее, чем современные африканские пигмеи от папуасов Новой Гвинеи. Ученые представили результаты работы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
До настоящего времени исследователи сообщали о нескольких десятках митохондриальных и ядерных геномов неандертальцев, останки которых нашли на памятниках, расположенных от Западной Европы до Алтая. Однако только три неандертальских ядерных генома палеобиологи секвенировали с высокой точностью: ранней неандерталки из Денисовой пещеры, которая жила примерно 120 тысяч лет назад; жившей приблизительно 55 тысяч лет назад архаической женщины из Чагырской пещеры; неандерталки, умершей примерно 50 тысяч лет назад в хорватской пещере Виндия (подробнее о чагырских неандертальцах читайте в материале «Из клана Окладникова»).
Осенью 2023 года ученые анонсировали на симпозиуме ISBA-10 еще два высококачественных неандертальских генома. Один из них принадлежал индивиду, останки которого раскопали в бельгийской пещере Гойе. А другой — еще одному раннему неандертальцу из Денисовой пещеры, причем, в отличие от опубликованных геномов, которые все относились к неандертальским женщинам, этот исследователи определили как мужской. Ученые секвенировали отлично сохранившуюся древнюю ДНК из очень маленькой кости Denisova-17, которую еще в 2011 году российские археологи раскопали в Восточной галерее известного алтайского памятника.
Миниатюрную кость длиной всего три сантиметра исследователи идентифицировали среди неопределимых остатков с помощью масс-спектрометрической пептидной дактилоскопии (ZooMS), а затем секвенировали из нее митохондриальную ДНК, выяснив, что она принадлежала неандертальцу. А теперь коллектив из научных организаций Австрии, Германии, Италии и России (Институт археологии и этнографии СО РАН) во главе с палеогенетиком Сванте Паабо (Svante Pääbo) из Института эволюционной антропологии Общества Макса Планка (о Нобелевской премии ученого можно прочитать в материале «Человек, который собрал древних»), представил подробные результаты анализа ядерного генома этого индивида, который ученые прочитали со средней глубиной покрытия 37 раз.
По расчетам генетиков, основанным на аутосомной ДНК, неандерталец жил около 110 тысяч лет назад (от 120 до 99 тысяч лет назад). Эта оценка в целом согласуется с данными по митохондриальной ДНК — 132 тысячи лет назад (от 175 до 92 тысяч лет назад), по Y-хромосоме — 120 тысяч лет назад (от 142 до 100 тысяч лет назад). Кроме того, исследователи отметили, что индивид жил на несколько тысяч лет позже, чем другой ранний неандерталец из Денисовой пещеры, для которого они ранее получили среднюю оценку в 120 тысяч лет.
Исследователи пишут, что оба ранних денисовских неандертальца принадлежали к одной восточной популяции, которая серьезно отличалась как от поздних европейских, так и поздних алтайских неандертальцев, известных в первую очередь по многочисленным находкам из Чагырской пещеры. По оценкам специалистов, генетическое расстояние между этими популяциями было больше, чем у современных африканских пигмеев и папуасов Новой Гвинеи, предки которых разошлись между 220 и 130 тысячами лет назад. При этом две неандертальские предковые группы разошлись примерно за 35 тысяч лет до того, как жили ранние неандертальцы из Денисовой пещеры.
Полученные данные говорят о том, что генетические различия между двумя неандертальскими группами накапливались быстрее, чем у предков современных людей. Вероятно, одна из причин — малочисленность и изолированность, особенно восточных неандертальцев: как у ранних, так и у поздних популяций из Алтайских гор численность групп насчитывала, по-видимому, меньше 50 человек, что ниже, чем у поздних европейских неандертальцев, а тем более у анатомически современных людей. Помимо всего этого, ученые также отметили, что в геномах ранних алтайских неандертальцев присутствует примесь как со стороны денисовцев, так и очень ранних сапиенсов. Поток генов от последних их предки получили приблизительно 200 тысяч лет назад, что немного моложе прошлой оценки.
В настоящее время известно еще два высококачественных генома архаических людей — денисовцев. Обе последовательности ученые прочитали благодаря находкам из Денисовой пещеры, причем одна из них пока опубликована только в виде препринта. В одном случае отлично сохранившуюся ДНК исследователи секвенировали из зуба возрастом около 64 тысяч лет, а во втором — из зуба возрастом примерно 200 тысяч лет.